จากประวัติเก่าแก่ของเมืองน่าน เป็นระยะเวลายาวนานกว่า ๖๐๐ ปี ที่เมืองน่านดำรงอยู่ในฐานะนครที่มีเจ้าผู้ครองนคร แม้บางครั้งเมืองน่านจะตกอยู่ใต้อำนาจของกรุงสุโขทัย และกรุงรัตนโกสินทร์ก็ตาม แต่ด้วยชัยภูมิที่ตั้งของเมืองน่าน เป็นเมืองค่อนข้างเร้นลับ ยากแก่การเดินทางไปถึงของผู้คน และวัฒนธรรม ศิลปกรรมภายนอก เมืองน่านจึงสร้างสมมรดกทางศิลปกรรม และวัฒนธรรม ด้วยเอกลักษณ์ของตนเอง
สำหรับองค์พระเจดีย์บรรจุพระบรมสารีริกธาตุ ที่สร้างไว้แต่เดิมนั้น แม้บางยุคบางสมัยจะถูกละทิ้งให้รกร้างไปบ้าง แต่ต่อมาได้มีเจ้าผู้ครองนครองค์อื่นๆ บูรณปฏิสังขรณ์องค์พระเจดีย์ให้สูงใหญ่ยิ่งๆขึ้น ปัจจุบันสูงประมาณ ๒ เส้นเศษ
จึงนับว่าพระธาตุแช่แห้งนี้ เป็นปูชนียสถานสำคัญ และศักดิ์สิทธิ์เก่าแก่โบราณของจังหวัดน่าน ซึ่งมีอายุกว่า ๖๐๐ ปีมาแล้ว (นับถึง พ.ศ. ๒๕๔๐) โดยปกติจะมีงานเทศกาลนมัสการเป็นประจำทุกปี ระหว่างวันขึ้น ๑๑ ค่ำ – ๑๕ ค่ำ เดือน ๔ (เดือน ๖ เหนือ) จะอยู่ในราวๆเดือนมีนาคม
เรื่องราวประวัติความเป็นมาของพระธาตุแช่แห้ง ตามที่ประมวลมาให้เป็นที่รู้จักกันนี้คงเป็นเพียงสังเขปปะติดปะต่อกันกับประวัติศาสตร์ของเมืองน่าน หากจะเจาะลึกให้ละเอียดลงไปอีก คงต้องขออ้างข้อความตามพงศาวดารเมืองน่านบางตอน ปรากฏข้อความ ดังนี้
เจ้าพระยาการเมือง ท่านอยู่เสวยราชสมบัติ แลอยู่บ่นานเท่าใด พระยาตน ๑ ชื่อว่า โสปัตตกันทิ อยู่เสวยเมืองสุโขทัย ได้มาอาราธนาเชิญเอา พระยาการเมือง เมือ (ไป) ช่วยพิจารณาสร้างวัดหลวงอุทัย กับด้วยเชิญพระยาสุโขทัยหั้น (นั้น) และเมื่อนั้นพระยาการเมืองก็ลงไปช่วยค้ำชูพระยาโสปัตตกันทิ หั้นแล ครั้งสร้างปริวรณ์ (บริบูรณ์) แล้ว พระยาโสปัตตกันทิก็มีความยินดีเซิ่ง (ซึ่ง) พระยาการเมือง แล้วก็เอา พระธาตุเจ้า ๗ องค์ พระพิมพ์คำ (ทองคำ) ๒๐ องค์ พระพิมพ์เงิน ๒๐ องค์ ดังวรรณพระธาตุนั้นต่างกันคือ ๒ องค์ มีวรรณดังคำ (ทองคำ) เท่าเมล็ดงาดำ หั้นแล พระยาการเมือง ครั้นว่า ได้ของดีวิเศษขึ้นมาแล้ว ก็มีความยินดีมากนัก หั้นแล เมื่อนั้นพระยาการเมืองก็เอาพระธาตุเจ้าและพระพิมพ์คำ ไปสำแดงแก่มหาเถรเจ้าธรรมบาลที่เมืองปัว หั้นแล ก็ไหว้สามหาเถรเจ้าว่า จะควรประจุพระธาตุนี้ไว้ที่ใด ขอมหาเถรเจ้าจุ่ง (จง) พิจารณาดูแดเถือะ (ดูเถอะ) ว่าอั้นแล้ว เมื่อนั้นพระมหาเถรเจ้าก็พิจารณาดูที่ควรประจุพระธาตุนั้นก็รู้แจ้ง แล้วก็เจิงจา (จึงกล่าว) กับด้วยพระยาว่า ควรมหาราชเจ้าเอาไปประจุไว้ที่ดอกยภูเพียงแช่แห้ง ตั๊ดที่ (ตรงที่) หว่างกลางแม่น้ำเตี๋ยน และแม่สิง (ชื่อแม่น้ำเหมือนกัน) พันควรซแด (คงเป็นที่สมควรพระเจ้าค่ะ) เมื่อนั้นพระยาการเมืองได้ยินมหาเถรเจ้าสันนั้น (อย่างนั้น) ก็มีความชื่นชมยินดียิ่ง แล้วพระยากาปกป่าว (ป่าวร้อง ประกาศ) พลนิกายทั้งหลาย แลเสนาอำมาตย์ทั้งมวล แล้วก็นิมนต์ มหาเถรเจ้า ลงไปด้วยตน ก็แห่นำเอาพระธาตุเจ้า มาแต่เมืองปัว ก็หื้อ (ให้) ส่งเสบด้วยดนตรีห้าจำพวก (เข้าใจว่าคงจะมี ปี่ ฆ้อง กลองยาว ฉาบ และพิณ) แห่นำเอา พระธาตุเจ้าลงไปที่ภูเพียงแช่แห้ง หั้นแล้ว ก็ตั้งทัพจอด (หยุด) อยู่ที่นั้นวันหนึ่ง ก็ด้วยอานุภาพพระหากทำนายมเหสักข์ ก็หากนำมาด้วยแล เมื่อนั้นพระยาก็หื้อช่างหล่อต้นปูนสำริด (เต้าปูนสำริด) ต้น ๑ ใหญ่แล้ว พระยาก็พร้อมด้วยมหาเถรเจ้า แลเสนาอำมาตย์ทั้งหลาย เอาพระธาตุเจ้า และพระพิมพ์เงิน พระพิมพ์คำ ลงใส่ในต้นปูนแล้ว ก็เอาฝาหับ (ปิด) หื้อทับแทบ (ให้สนิทแน่น) ดีแล้ว ก็วาด (พอก) ด้วยสะตายจีน (ปูนขาวผสมยางไม้ และทรายละเอียด) เกลี้ยงกลมดีเป็นดังก้อนผา (หิน) นั้นแล้ว พระมหาเถรเจ้า และพระยาก็พิจารณาดูที่เป็นสำคัญ หั้นแล เมื่อนั้น เทวบุตร เทวดา มเหสักข์ทั้งมวล (ใช้คนแต่งสมมติ) ก็นำเอาพระมหาเถรเจ้า และพระยาไปสู่ที่ประจุ หั้นแล เมื่อนั้น พระยาก็หื้อขุดลงที่นั้นเลิ้ก (ลึก) วา ๑ แล้วก็นิมนต์ยังพระธาตุเจ้าลงสถิต แล้วก่ออิฐกาถม แล้วก่อเจดีย์ขึ้นสูงเหนือแผ่นดิน ๑ วา หั้นแล ครั้นว่าปริวรณ์ (บริบูรณ์) แล้วก็นิมนต์พระภิกษุสังฆะเจ้า มากระทำการมงคลอบรม (สมโภช) แล้ว พระยาก็ทำสักการบูชา ทำบุญให้ทานตามใจมัก (ปรารถนา) แห่งตนแล้ว ครั้นปริวรณ์ ก็เอารี้พลแห่งตนคืนเมือ (คืนกลับไป) ยังเมืองปัวโพ้น (โน่น) หั้นแล ครั้นอยู่มาบ่นานเท่าใดพระยาก็คิดใจใคร่เถิง (คิดระลึกถึง) ยังพระธาตุเจ้ามัก (ประสงค์) ใคร่ปฏิบัติไหว้สา (กราบไหว้) ซู่ยาม (ทุกคราวที่ต้องการ) หั้นแล พระยาก็ปกป่าว (ประกาศ) เสนาอำมาตย์ทั้งหลาย แลรี้พลโยธาทั้งมวล แล้วก็เสด็จลงมาสร้างตั้งเวียงกุมพระธาตุเจ้า (ตั้งเมืองใกล้พระธาตุเจ้า) ขุดคูเวียงแวดวงใส่พนักนังดิน (กำแพงดิน) แล้วหื้อแต่งแปง (ทำ) ประตูงามสะอาดแล้ว
เถิง (ถึง หรือ ลุ) จุลศักราชได้ ๗๒๑ ตัว (พ.ศ. ๑๙๐๒) ปีเมิงเล้า (ปีระกา) ชาวกวาว (ครั้นนั้นชาวน่านเรียกตัวเองว่า ชาวกวาว) ทั้งหลายก็เรียกกันมาแปง (ทำ) โรง (ที่อยู่) พระยาการเมือง หั้นแล พระยาการเมืองได้อยู่เสวยราชสมบัติในเมืองปัวได้ ๖ ปี อยู่เวียงแช่แห้งได้ ๕ ปี ครั้นเถิงปีลวงเป้า (ปีฉลู) จุลศักราช ๗๒๕ ตัว (พ.ศ. ๑๙๐๕) ขุนอินตา เมืองใต้ ใช้เอาผ้าดีมาถวายหื้อเป็นบรรณาการเมืองใหญ่ ฮวยมนต์ใส่แถมพิศม์ (พิษ) ท้าวก็ใส่ใจ (เข้าใจ) ว่าบ่มีพิศม์ (พิษ) ก็เอามือหลูบยุบ (ลูบหยิบ) เอาผ้าลวด (เลย) ถูกพิศม์เจ็บเสียบตน (เจ็บเสียด) ตายท่าว (ล้ม) ทั้งยืน หั้นแล พระยาการเมืองตายเมื่อปีลวงเป้า (ปีฉลู) จุลศักราช ๗๒๕ ตัว (พ.ศ. ๑๙๐๖) ก็เสี้ยง (หมด) กรรมไปในเวียงแช่แห้งวันนั้นแลได้ ๕ เช่น (องค์ที่ ๕) วงศาแล เสนาอำมาตย์ทั้งหลายพร้อมกันอุสาราชาภิเษก เจ้าผากอง ตนเป็นลูกเจ้าการเมืองนั้น เสวยเมืองแทนหั้นแล
กาลเวลาผ่านมาอีก ๑๑๓ ปี
ในปีกาบซง้า (ปีมะเมีย) จุลศักราชได้ ๘๓๘ (พ.ศ. ๒๐๑๙) ท้าวขาก่าน จากเมืองฝาง เชียงใหม่ มาครองเมืองน่าน (ในสมัยนั้นเมืองน่านขึ้นกับเมืองเชียงใหม่ ยุคพระเจ้าติโลกราช มีเหตุการณ์เกี่ยวข้องกับพระธาตุแช่แห้งอีก ดังข้อความตามพงศาวดารของเมืองน่าน)
“......แต่นั้นท้าวจึงใช้ หมื่นในคำ ไปบำเริญ (ส่งส่วย) ท้าวติโลกราช เชียงใหม่จิง (จึง) พระมหาเถรเจ้าตนชื่อ วชิรโพธิ มาหื้อท้าวขาก่าน (เป็นตำนานหรือเรื่องราวของพระธาตุเจดีย์ดอยภูเพียงแช่แห้ง) ท้าวขาก่าน จึงพร้อมด้วยสังฆเจ้าทั้งหลาย และบ้านเมืองทั้งมวลก่อสร้างแปง ยังพระมหาธาตุเจ้าภูเพียงแช่แห้ง พระมหาธาตุเจ้าเวบานั้นเท่าเป็นป่าไม้ไผ่ แลคลุมเครือวัลย์ทั้งมวล ในขบวนที่พระธาตุอยู่นั้นก็พอเป็นนาว (แนว) จอมปลวกอยู่เท่านั้นแล ท้าวก็พาเอาคนทั้งหลายแผ้วถางสร้างแปง ท้าวก็สักการบูชาด้วยช่อธุง (ธง) เทียน ปกกางด้วยเครื่องพร้อมสู่อั้นแล้ว (ไปที่นั่นแล้ว) ก็เรินผ่อกอย (เที่ยวดูเห็น) พระธาตุเจ้าอยู่ หั้นแล ตราบเสี้ยง (สิ้น) ราตรีกลางคืนแล้ว พระธาตุก็เปล่งปาฏิหาริย์รุ่งเรืองนัก ท้าวได้รู้หัน (รู้เห็น) แล้วก็พากันขุดคูในจอมปลวกเลิ้ก (ลึก) ลงวา ๑ แล้วก็ได้เอาก้อนผาลูก ๑ แล้วใหญ่กลมเกลี้ยง ท้าวกระทำให้แตกเถิง (ตึง) ในแล้วได้หัน (เห็น) ต้นปูนใส่ทองเทศใหญ่ มีฝาหับทับแทบ (ปิดสนิท) ดีนัก จึงหื้อ (ให้) ปะขาวเชียงโคม อยู่วัดใต้นั้นไปดู ก็เห็นพระธาตุเจ้า ๗ องค์ กับพระพิมพ์เงิน ๒๐ องค์ พระพิมพ์คำ ๒๐ องค์ อันพระยาการเมืองเอามาแต่พระยาสุโขทัย เมืองใต้มาประจุไว้นั้น อันพระยาอโศก ประจุไว้นั้น เลิ้ก ๑๐ วา (ควรจะเป็น ๑ วา) บ่ถ่องเท่ารู้ในตำนานเท่านั้นแล ท้าวก็เอาเมือ (ไป) ไว้ในหอปิฎกริมข่วงหลวง (หอพระไตรปิฎกริมสนามหลวง) นานได้เดือนหนึ่ง ท้าวจึงใช้ไปเรียนท้าวติโลก เมื่อนั้นท้าวติโลกจึงกรุณาว่า ได้ที่ใดให้ประจุไว้ที่นั้น ควงแล เมื่อนั้นท้าวขาก่านได้รู้เหตุการณ์ท้าวติโลกแล้ว ท้าวก็เอาไปประจุไว้ในดอยภูเพียงที่เก่า หั้นแล ก็ก่อเจดีย์สูง ๖ วา หั้นแล ท้าวขาก่านสร้างเจดีย์เจ้าแล”
ครั้นเถิง จุลศักราชได้ ๘๔๒ ตัว (พ.ศ. ๒๐๒๓) ปีเบิกเสร็จ (ปีจอ) แกว (ญวน) เอารี้พลมาตกเมืองน่าน พระยาติโลกมีอาญาหื้อ ท้าวขาก่านคุมเอารี้พลศึก ๔ หมื่น ออกต้อนรับแกว ท้าวขาก่านมีชัยชนะได้ฆ่าแกวตายมากนักหั้นแล ได้ช้างม้าครอบครัวมาถวายพระยาติโลก มากนักหั้นแล เมื่อนั้นพระยาติโลกกล่าวว่า แกวก๋านพ่ายแพ้ก็ดีแล้ว ดังฤาพอย (ทำไม) ไล่ฆ่าแกว เอาครอบครัวแกวมาเป็นอันมากสันนี้ (อย่างนี้) เวรศึกเวรเสือนี้บ่ดีซแด บ่ควรหื้อมันอยู่เมืองน่านที่นี้แล้ว ว่าอั้น (ดังนั้น) แล้วก็หื้อท้าวขาก่านไปอยู่เชียงราย หั้นแล ได้ ๒๒ เช่นท้าวแล (ครองเมืองน่านลำดับ องค์ที่ ๒๒)
พระเป็นเจ้า (พระเจ้าติโลกราช) จึงหื้อ (ให้) ท้าวอ้ายยวม มากินเมืองในปีถัดไก๊ (ปีกุน) จุลศักราช ๘๔๓ ตัว (พ.ศ. ๒๐๒๔) กินได้ ๔ ปี ก็ตายในปีเต่ายี (ปีขาล) จุลศักราชได้ ๘๔๗ (พ.ศ. ๒๐๒๗) หั้นแล ท้าวอ้ายยวมท่านได้กินเมืองแล้วนั้นท่านก็พร้อมเพรียงชักชวนพระธรรมและพระสงฆ์เจ้า แลชาวบ้านชาวเมืองสร้างยังพระธาตุเจ้ากวม (ครอบ) เจดีย์ท้าวขาก่านนั้นขึ้นหื้อ (ให้) ใหญ่สูงเหลือ (กว่า) เก่า กว้าง ๑๐ วา สูง ๑๗ วา ได้ ๔ ปี จึงปริวรณ์ (บริบูรณ์) ครั้นปริวรณ์แล้วก็ฉลองหื้อทาน แล้วท้าวอ้ายยวมท่านก็เสี้ยง (หมด) กรรมในปีเต่ายี (ปีขาล) จุลศักราช ๘๔๗ ตัว (พ.ศ. ๒๐๒๗) หั้นแล ได้ ๒๓ เช่นท้าวแล (ครองเมืองน่านอันดับที่ ๒๓)
พระเป็นเจ้า (พระเจ้าติโลกราช) ก็หื้อ พระยาคำยอดฟ้า มาเสวยเมืองน่านถ้วนที่ ๒ (ครั้งที่ ๒) ก็ในปีวายไจ๊ (ปีชวด) จุลศักราชได้ ๘๘๑ ตัว (พ.ศ. ๒๐๖๒) ท่านเสวยเมืองน่านได้ ๔ ปี ครั้นเถิงปีกัดเหม้า (ปีเถาะ) จุลศักราชได้ ๘๘๔ (พ.ศ. ๒๐๖๕ ) นั้น ท่านก็พร้อมด้วยพระสงฆ์เจ้าทั้งหลายและท้าวขุนบ้านเมืองทั้งปวงพากันสร้าง พระเจ้าล้านทอง (พระประธานในวิหารหลวงข้างองค์พระธาตุ) และสร้างกำแพงมุงแวดมหาธาตุเจ้าไว้หั้นก่อนแลในปีเบิกเสร็จ (ปีจอ) อาชญาหาตัวเจ้านายมาเสวยเมืองเชียงใหม่ กลับไปครองเมืองเชียงใหม่ได้ ๓๕ เช่น ท้าวแล (ครองเมืองน่าน อันดับ ๓๕)
พระยาหน่อคำเสถียรไชยสงคราม ได้เป็นเจ้าพระยาเสวยเมืองน่าน แท้ปีกดสันเล้า (ปีวอก) จุลศักราช ๙๒๒ (พ.ศ. ๒๑๐๓)
อนึ่ง ด้วยเจดีย์หลวง ท้าวอ้ายยวมสร้างนั้น สูง ๑๗ วา กว้าง ๑๐ วา นั้นเป็นที่หลุพัง (ชำรุดผุพัง) ต้นด้านเหนือ คือ บัลลังก์ด้านเหนือนั้นแล พระยาหน่อคำเสถียรไชยสงคราม ได้เป็นเจ้าเสวยเมืองน่านแล้วท่านก็พร้อมด้วยพระสังฆเจ้าทั้งหลาย หมายมี มหาสวามีเจ้ากัลยาโณ วัดศรีบุญเรือง เป็นเค้า (ประธาน) แลชาวบ้านทั้งมวล ท่านพากันริร่าง สร้างซ่อม ก่อบัลลังก์หื้อดีงามดังเก่า บ่เท่าแต่นั้น (ไม่ใช่แต่เท่านั้น) ก็สร้างแปงทางลีลอดกำแพงมหาธาตุเจ้า ยาว ๑,๓๐๐ วา (คงหมายถึง รวมทั้งสี่ด้าน) กว้าง ๖๐ วา แล้วสร้างศาลาเข้าพระธาตุ วิหารน้อย และอุโบสถาคาร ปริวรณ์แล
ครั้นจุลศักราช ๙๔๒ (พ.ศ. ๒๑๒๓) เดือน ๖ แรมค่ำ เจ้าฟ้าสารวดี พระยาเชียงใหม่ไปเมืองลานช้าง มาพักที่แช่แห้ง บังเกิดศรัทธา จึงให้พระยาหน่อคำเสถียรไชยสงคราม ทำให้ดีงามสมควรแก่ตำนาน ต่อมาไม่นาน พระยาหน่อคำฯ มอบภาระในวัดแช่แห้งทั้งมวลให้แก่สังฆะศรีบุญเรือง ให้ชาววัดแลกเอาไม้ห้วยตาว ได้ไม้ ๖๖ เล่ม ชาวบ้านบุญเรือง ๑๗ คน บ้านแช่แห้ง ๙ คน สร้างบ่อน้ำ โรงอาบน้ำ เว็จ และกุฏิ ให้ สมเด็จพระสังฆราช เจ้าเมืองพ้อ มาเป็นประธาน ช่างไม้ทั้งหลาย ชาวบ้านบุญเรือง ชาวแช่แห้ง ไปเอาไม้นาราก ได้ไม้ ๘๖ ต้น แล้วริด (รื้อ) วิหารเก่า เมื่อพระยาหน่อคำเสถียรไชยสงครามถึงอสัญกรรม เจ้าเจตบุตรพรหมมินทร์ ครองเมืองแทนและได้แต่งตั้งอภิเษก พระเถรเจ้าแช่แห้ง ให้เป็นสังฆราชา ต่อมาเมื่อเจ้าศรีสองเมือง ผู้เป็นน้องเจ้าเจตบุตรฯ ครองเมืองน่าน ก็ได้สร้างซ่อมเจดีย์ที่ท้าวอ้ายยวมสร้าง ด้านซ้ายงพังให้ดีขึ้น พร้อมกับริด (รื้อ) มหาเจดีย์หลวง แต่รื้อลงมาไม่ถึงที่เจดีย์ท้าวขาก่านสร้าง โดยยังอยู่หน่อยหนึ่ง และต่อมา เจ้าอุ่นเมือง ผู้เป็นน้องเจ้าศรีสองเมือง ได้ครองเมืองน่านแทน พระเจ้าศรีสองเมืองไปเป็นพระเจ้าครองเมืองเชียงใหม่ เจ้าอุ่นเมืองก็ได้สร้างมหาธาตุเจ้าแช่แห้งสิ้นทรัพย์นับไม่ถ้วน เป็นค่าปูน ค่าน้ำอ้อย และจ่ายเลี้ยงสังฆะที่มาช่วยก่อสร้าง แล้วปิดทองจังโก๋ (ทองมาล่อ) ปิดทองคำเปลว ตั้งแต่บานข้าวลงมาถึงตระปอนคว่ำ และธรณีทั้งห้า ตีนบันไดหลวง อันตั้งแท่นทั้งสองนั้น
ครั้งถึงปีจุลศักราช ๙๘๗ (พ.ศ. ๒๑๖๘) พรหมิปาลฤกษ์ พระยาหลวงเมืองนครลำปาง ยกเอากำลังศึกเข้าโจมตีเมืองน่าน ทางประตูท่าช้าง และครองเมืองน่านได้ ก็มาเล็งเห็นว่า มหาชินธาตุเจ้าแช่แห้ง ด้านซ้ายพังเกลื่อนลง จึงพร้อมด้วยเสนาอำมาตย์ ชาวบ้านชาวเมืองภายในนครมี สมเด็จเจ้าทีปังกร เป็นประธานแก่สังฆเจ้าทั้งหลาย พากันสร้างปฏิสังขรณ์ใส่จังโก๋ (ทองแผ่น) แท่นบัลลังก์ถ้วนสองทั้งมวล และแท่นหลวงทั้งมวล มาถึงแผ่นดิน เงินพระยานันทมิตร ราคาถึง ๑,๔๐๐ เป็นราคาคำแผ่น (ทองคำเปลว) ได้ใส่แท่นบัลลังก์ทั้งสี่ด้าน อนึ่ง ด้วยบริเวณและระเบียงพระมหาธาตุเจ้า อันพระยาคำยอดฟ้าสร้างนั้น ตั้งแต่ประตูน้อยท้ายพระวิหารหลวงด้านใต้มี ๑๑ ห้อง ก็เกือบพังเสียหายอยู่แล้ว ก็ได้ชักชวนกันสร้างตั้งแต่ จุลศักราช ๙๙๑ (พ.ศ. ๒๑๗๒) พร้อมทั้งทารัก ทาชาด ติดทองคำเปลวทั้งมวล โดยให้พระหลวงวัดกู่คำเป็นผู้ใสศรัทธาร้อยเพี้ยใส่แท่นบัลลังก์ถ้วนสอง (ครั้งที่ ๒) มาถึงแผ่นดิน เป็นวัตถุ พระหลวงวัดกู่คำ พันเงิน (จำนวนเงินพัน) เป็นค่าคำแผ่นใส่นอก เป็นวัตถุอุปการะแห่งพระมหาธาตุเจ้ามากนัก พระธาตุเจ้าวัดแช่แห้งแตกรั่วซึมที่ใด พระหลวงวัดกู่คำ และศรัทธาร้อยเพี้ย ซ่อมปิดทาชาด ปิดทองคำเปลวแท่นบัลลังก์ทั้งสี่ แผ่นธรณีปทักษิณทั้งมวล ท่านได้ทำการซ่อมแซมบูรณะให้ดีขึ้นตลอดมานานถึง ๑๔ ปี
อนึ่ง พุทธศาสนิกชนควรทราบไว้ด้วยว่า เมื่อจุลศักราช ๑๐๖๕ (พ.ศ. ๒๒๔๖) สมัยเจ้าพระเมืองราชา เป็นผู้ครองเมืองน่าน กองทัพม่าน (พม่า) เข้าตีเมืองน่าน ชาวบ้าน ชาวเมือง พระสงฆ์องค์เจ้า พ่านหนีลี้หน้าซ่อนอยู่ตามป่าไม้ ถ้ำ ห้วย ดอย ผู้ครองเมืองก็หนีไปเมืองล้านช้าง แล้วไปเมืองใต้ ทหารม่านก็ทำอันตรายบ้านเมือง รั้ว เวียง จุดเผาบ้าง เพะเจาะ (ขุดเจาะ) ลอกพระพุทธรูปเจ้าวัดภูมินทร์ องค์ตะวันตก (พระประธานในอุโบสถวัดภูมินทร์ อยู่ตรงกลางอุโบสถ โดยหันพระปฤษฎางค์ ชนกันทั้งสี่ทิศ หลังคาพระอุโบสถ เป็นจัตุรมุข เช่นกัน และยอดมหาเจดีย์ทิพย์ธาตุเจ้าแช่แห้ง และเจดีย์หลวงกลางเวียง และทิพย์เจดีย์เจ้า ก็บ้างเพะ (พัง) วัดวาอาราม ศาสนา ธรรมพระพุทธเจ้า ก็จุดเผาสิ้น จะเหลือก็แต่เพียงแผ่นดินเท่านั้น ทั้งชาวบ้าน ชาวเมืองทั้งหลายก็ตายเป็นจำนวนมาก ในจุลศักราช ๑๐๗๖ (พ.ศ. ๒๒๕๗) เจ้าเมืองอังวะให้ เจ้าฟ้าเมียวซา มาครองเมืองน่าน และได้สร้างทำแกนธาตุและทังเกิ้ง (ฉัตร) ขึ้นใส่ ๗ ชั้น ต่อมาเมื่อถึงจุลศักราช ๑๑๔๑ (พ.ศ. ๒๓๒๒) เจ้ามโนยกครอบครัวหนีจากเมืองงั่ว มาตั้งอยู่เชิงดอยภูเพียงแช่แห้ง ทางทิศตะวันตก และได้แผ้วถางวัดแช่แห้งเรียบร้อยดีงามแล้ว จึงให้สร้างสืบโรงอุโบสถให้กว้างขวางออกไปอีกช่วงหนึ่ง และรื้อประตูโขง กำแพงพระธาตุ ทางทิศตะวันตกเสีย ว่าจะก่อสร้างใหม่ แต่ไม่ทันได้สร้าง ทัพพม่า และพญายองก็เข้ามาตีเมืองน่าน เจ้ามโนก็หนี พาครอบครัวขึ้นไปอยู่เมืองเชียงแสน
ลุ จุลศักราช ๑๑๕๐ (พ.ศ. ๒๓๓๑) เจ้าหลวงอัตถวรปัญโญ ได้ครองเมืองน่าน โดยพระบรมราชโองการพระมหากษัตริย์แห่งประเทศไทย แต่งตั้งเป็นเจ้าผู้ครองนคร ขณะนี้เมืองน่านเปล่าว้าง ห่างสิ้นซึ่งพลเมืองและบ้านช่องสาบสูญ โจรผู้ร้ายก็มาหักยอดพระเจดีย์แช่แห้ง เอาเกิ้ง (ฉัตร) ลงเสีย ศาสนาก็ดูมัวหมองเสื่อมไป จุลศักราช ๑๑๕๑ (พ.ศ. ๒๓๓๒) เจ้าหลวงอัตถวรปัญโญ ก็พาเจ้านายท้าวขุน รัฐบาล บ่าวไพร่ ทั้งหลาย ไปแผ้วถางวัดหลวงแช่แห้งบริเวณลานมหาธาตุเจ้าแล้ว เริ่มต้นได้ก่อสร้างประตูโขงขึ้นก่อน และตั้งนั่งร้านมหาธาตุเจ้าแล้ว เอาแกนเหล็กอันเก่าลงมาทำใหม่ ต่อแกนเหล็กยาวขึ้นอีก ๑ ศอก เพิ่มเกิ้ง (ฉัตร) อีก ๒ ชั้น ซึ่งของเก่ามี ๗ ชั้น เป็น ๙ ชั้น แล้วสร้างรูปหงส์ตัวหนึ่งงามนักให้คาบเกิ้ง (ชังเกิ้งขึ้น) และนิมนต์พระสงฆ์ ๗๓ รูป เณร ๑๑๔ รูป มาฉัน และแสดงธรรมเทศนา มีการใส่บาตร ทำบุญ ให้ทาน ในวันเดือน ๓ เพ็ญ (เหนือ) เป็นวันพุธเที่ยงวัน จึงชักรูปหงส์คาบเกิ้งขึ้นยอดธาตุเจ้าและได้ทำพิธีพุทธาภิเษก อบรม (ฉลอง) พระบรมธาตุเจ้า ตามตำนานเก่าเล่าว่า ขณะเมื่อเกิ้ง (ฉัตร) ขึ้นยอดมหาธาตุเจ้า มีอัศจรรย์ ๗ ประการ ปรากฏให้เห็น พระยาแร้ง ๔ ตัว เข้ามาแอบร่อนอยู่ที่มหาธาตุเจ้า ผู้คนทั้งหลายได้รู้ได้เห็นทุกคน และได้ยินเสียงเหมือนนกยูงบินมาแต่ทิศใต้ แต่มองก็ไม่เห็นตัว และยังปรากฏให้เห็นงูตัวหนึ่งเข้าไปบริเวณพระมหาธาตุเจ้า แล้วกลับหายไปในขณะชักรูปหงส์คาบเกิ้งขึ้น อีกทั้งเมฆท้องฟ้าก็หายไปสิ้น อากาศใสสว่างบริสุทธิ์มากนัก ดาวยังฟ้าก็ยังปรากฏให้เห็นแก่คนทั้งหลายในเที่ยงวันนั้น ทั้งปรากฏการณ์เป็นฝนตกลงมาเห็นเม็ดอยู่เก้าๆ (ชัด) เหมือนจักถูกตัวตน และจับขยุ้มถือเอาได้ แต่ก็ไม่ต้องถูกตัวคนทั้งหลาย และจับเม็ดฝนก็ไม่ได้สักคน การณ์อัศจรรย์เช่นนี้ ปรากฏนาน ๒ วันจึงหาย เมื่อได้ทำพิธีเสร็จสิ้นไปเรียบร้อยแล้ว ก็ได้อาราธนาพระอริยวงศ์ ผู้เป็นครูบาวัดลองหาด อยู่ปฏิบัติพระธาตุแช่แห้งสืบมา
ในจุลศักราช ๑๑๕๖ (พ.ศ. ๒๓๓๗) เจ้าหลวงอัตถวรปัญโญ ยกจากเวียงพ้อ ขึ้นมาอยู่ภูเพียงแช่แห้ง และพร้อมด้วยสังฆทั้งหลาย มีครูบาวัดแช่แห้ง เป็นประธานปฏิสังขรณ์สร้างมหาชินธาตุเจ้า เพราะไม้จำโฮงหักโค่นลงทับเสียหายให้คงเดิม และซ่อมสร้างวิหารพระเจ้าทันใจที่ผุพังให้ดีขึ้น และได้กระทำพุทธาภิเษกเบิกบายฉลองพุทธเจ้า ทั้งกระทำบุญให้ทานในปีถัดต่อมานั้นอีก เจ้าหลวงอัตถวรปัญโญได้เบิกฉลองพุทธาภิเษกพระพุทธรูปเจ้าหลวงแช่แห้งอีกครั้งหนึ่ง (ในปีนี้ได้บังเกิดเหตุการณ์เทพสังหรณ์จำแลงเพศเป็นเปรต นัยว่าเป็นรุกขเทวดารักษาพระธาตุแช่แห้งให้บูรณะซ่อมแซมสร้างพระธาตุแช่แห้งให้เจริญรุ่งเรือง) เจ้าพระยามงคลวรยศ จึงแจ้งไปยัง เจ้าหลวงอัตถวรปัญโญ ตามเหตุการณ์ที่เมืองพ้อ เจ้าหลวงอัตถวรปัญโญจึงมอบหมายให้เจ้าพระยามงคลวรยศ และนายอริยะกับพระสังฆเจ้า บูรณะซ่อมแซมพระธาตุเจ้าภูเพียงแช่แห้ง และได้พากันขึ้นไปบูรณปฏิสังขรณ์นาน ๕ เดือน ก็แล้วเสร็จ เมื่อเสร็จแล้วเจ้าหลวงอัตถวรปัญโญก็ได้เป็นประธานใส่ฉัตรพระเจดีย์แช่แห้ง และกระทำพิธีพุทธาภิเษกเบิกบายฉลองทำบุญให้ทาน (เทพสังหรณ์ก็อันตรธานหายไป)
ในจุลศักราช ๑๑๖๓ (พ.ศ. ๒๓๔๔) เดือนยี่ (เหนือ) ขึ้น ๑๐ ค่ำ ยามมืดตื้อ แผ่นดินครวญสนั่นหวั่นไหวมากนัก (แผ่นดินไหวใหญ่) แก้ว (อัญมณี) ที่ใส่ยอดพระธาตุแช่แห้งกระเด็นหลุดตกลง แม้แต่ยอดพระธาตุสุเทพเจ้าเชียงใหม่ ยอดพระธาตุเจ้าลำพูน ยอดพระธาตุลำปางหลวง ยอดพระธาตุช่อแฮเมืองแพร่ ขื่อวิหารหลวงเมืองพะเยา ที่พระเจ้าตนหลวงอยู่ (วัดศรีโคมคำวรวิหาร จังหวัดพะเยา) ก็กระเด็นตกลงมาพร้อมเดียวกัน ต่อมาแรม ๑๔ ค่ำ แผ่นดินก็ไหวอีกครั้งหนึ่ง ครั้งถึงเดือน ๓ (เหนือ) เจ้าหลวงอัตถวรปัญโญจากเวียงสา ก็นิมนต์พระสงฆ์คาดคชา (เข้าใจว่า นั่งร้าน หรือ ร้านช้าง) เอาแก้ว (อัญมณี) ขึ้นใส่ยอดฉัตร องค์เจดีย์ที่แตกระแหงก็ได้ซ่อมปฏิสังขรณ์ดีดังเดิม
ครั้นถึงจุลศักราช ๑๑๖๗ (พ.ศ. ๒๓๔๘) เจ้าฟ้าหลวงอัตถวรปัญโญ (ภายหลังที่ได้รับสถาปนาเป็นสมเด็จเจ้าฟ้า....แล้ว) พร้อมด้วยเจ้านาย ท้าวขุน ไพร่ นาย และพระสงฆ์ ขุดขยายกำแพงพระธาตุเจ้าด้านใต้ออกอีก ๔ วา และต่อประตูโขง ด้านตะวันออก ด้านใต้ และประตูโขงบังเวียนแห่งพระธาตุ ๒ ประตู และก่อขันตั้งคร่อมมุมซ่อมดอกบัวทองคำข้างเหนือแล้ว ใส่ฉัตร ๗ ใบ และก่อตั้งรูปเทวบุตร ๔ องค์ ไว้ ๔ มุม
ในจุลศักราช ๑๑๖๘ (พ.ศ. ๒๓๔๙) ได้เกณฑ์กำลังคน ๕๐๐ คน ก่อสร้างปั้นรูปมหานาคยาวใหญ่ ๒ ตัว โดยยาว ๖๘ วา ตัวใหญ่นับแต่แผ่นดินสูง ๔ ศอก ยกหัวแผ่พังพานขึ้นสูง ๑๐ ศอก ตั้งไว้สองข้างทางขึ้นไปที่ลานพระธาตุแช่แห้ง และได้ก่อสร้างศาลาบาตรล้อมรอบกำแพงภายในลานองค์พระเจดีย์และได้ก่อรูปเป็นรูปท้าวจัตตุโลกบาลทั้ง ๔ ด้านกับบริวาร และสอง อยู่รักษาพระธาตุทั้ง ๔ มุม ถึงเดือน ๖ (เหนือ) เพ็ญ ก็ทำบุญให้ทาน
ในสมัย เจ้าหลวงสุมนเทวราช ผู้เป็นน้าของ เจ้าฟ้าหลวงอัตถวรปัญโญ คือ จุลศักราช ๑๑๘๒ (พ.ศ. ๒๓๖๓) ได้ปฏิสังขรณ์วิหารหลวงแช่แห้ง ซึ่งผุพัง ตอนบนมีแป และแหนบ ก่อฝาผนัง และซ่อมพระพุทธรูปองค์ใหญ่ (พระเจ้าล้านทอง) ทารักปิดทองคำเปลงใหม่ และสร้างฉัตรใหญ่ ๔ ใบ ทำด้วยไม้แก่นมุงด้วยกระดาน หุ้มด้วยแผ่นทองแดงหนัก ๑๒๐,๐๐๐ สลักด้วยลายดอก ประดับด้วยแก้ว (กระจก) ทารัก และชาด ปิดทองคำเปลวอย่างสุก ติดข่ายใบไร และหล่อระฆังใหญ่ ๒ ใบ สิ้นทอง ๑๗๐,๐๐๐ อีกลูกหนึ่ง สิ้นทองหนัก ๑๓๐,๐๐๐ และปลูกหอระฆังไว้ ๒ หลัง เสร็จสรรพได้ทำบุญ ให้ทาน และทำพิธีพุทธาภิเษก ฉลองเป็นพุทธบูชามหาธาตุแช่แห้ง และนอกจากนี้ยังได้ก่อรูปคนสามคนแม่ลูก ชายสองหญิงหนึ่ง ไว้กับพระธาตุแช่แห้งด้วย ถึงเดือน ๖ (เหนือ) แรม ๖ ค่ำเม็ง วันศุกร์ พ.ศ. เดียวกันนี้ แผ่นดินไหว ยอดฉัตรมหาธาตุภูเพียงแช่แห้งก็หักห้อยลง (ต่อไปไม่ปรากฏว่าใครบูรณะ) และใน จุลศักราช ๑๑๘๗ (พ.ศ. ๒๓๖๘) ใกล้จะตกปีใหม่ (สงกรานต์) บังเกิดลมใหญ่จากทิศตะวันตก พัดมาน่าสะพรึงกลัวยิ่งนัก ทำให้ต้นไม้ บ้านเรือนราษฎรพังพินาศ ยอดพระธาตุแช่แห้ง คดไปทางทิศตะวันออกเฉียงใต้
จุลศักราช ๑๑๙๘ (พ.ศ. ๒๓๗๙) เจ้าอชิตวงษา บุตรเจ้าหลวงสุมนเทวราช ขึ้นครองเมืองน่าน ในเดือน ๗ (เหนือ) แรม ๑๒ ค่ำ ได้กระทำการต่อแกนยอดเจดีย์แช่แห้งให้ยาวกว่าเดิมอีก ๔ ศอก รวมเป็น ๑๖ ศอก ฉัตรและเกิ้งเดิมมี ๙ ใบ ได้สร้างเพิ่มเป็น ๑๑ ใบ และทำพิธีพุทธาภิเษกเบิกบายทำบุญให้ทาน และต่อมาเจ้าหลวงมหาวงศ์ได้สร้างซ่อมวิหารพระธาตุเจ้าภูเพียงแช่แห้ง
จุลศักราช ๑๒๐๘ (พ.ศ. ๒๓๘๙) เดือน ๙ (เหนือ) แรม ๑๑ ค่ำ เจ้าหลวงมหาวงศืได้พร้อมขัตติยวงศาเสนาอำมาตย์ ก่อสร้างจุลพระเจดีย์ ๔ องค์ (องค์เล็ก) เหนือปากขันหลวงเจดีย์ภูเพียงแช่แห้ง ๔ ด้าน และซ่อมแซมวิหารหลวง ศาลาบาตร ลานพระเจดีย์ และประตูกับศาลานางป้อง ทั้งได้เอาแกนเหล็กขึ้นใส่ต่อ ก่อลูกหมาก และบานเข้า เอาฉัตรและเกิ้งขึ้นใส่อีก ๒ ใบ ดอกบัวเงิน ๖ ดอก ดอกบัวคำ ๖ ดอก สร้างระฆังเล็กแขวน ๑๐ ใบ และสร้างพระพุทธรูป ๓ องค์ เสร็จสิ้นก็ได้ทำบุญให้ทานเป็นมหาพอย (ปอยหลวงหรืองานฉลองใหญ่) ทำพิธีพุทธาภิเษกเบิกบายเป็นการใหญ่
เจ้าผู้ครองนครน่านผ่านมาหลายองค์ ไม่ปรากฏในตำนานนั้นว่าได้ปฏิสังขรณ์หรือบูรณะพระธาตุแช่แห้งแต่อย่างใด จะเป็นเพราะได้สร้างเหมือนกัน แต่ไม่บันทึกไว้ก็ได้ เท่าที่ปรากฏจนถึงสมัยพระเจ้าผู้ครองนครน่านมีพระนามว่า พระเจ้าสุริยพงษ์ผริตเดช กุลเชษฐ์มหันตไชยนันท์ บุรมหาราชวงศาธิบดี สุจริตจารีราชานุภาวรักษ์ วิบูลย์ศักดิ์กิติไพศาล ภูบาลบพิตร สถิตนันทราชวงษ์ พระเจ้านครน่าน (สุพรรณบัฏ) เป็นผู้ทรงศัทธาเลื่อมใสในพระพุทธศาสนา ทรงศีล ๕ ศีล ๘ บริจาคทรัพย์ก่อสร้างสิ่งถาวรวัตถุในพระพุทธศาสนา และจารึกในศิลาไว้ ณ วัดแช่แห้ง
• ได้รับอนุญาตตั้งเป็นวัด พ.ศ. 1896
• ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา พ.ศ. 2103
1. วิหารหลวง
อยู่ทางด้านทิศใต้ขององค์พระธาตุเป็นวิหารขนาดใหญ่ 6 ห้อง ห้องกลางมีขนาด 3 ห้อง และต่อชั้นลดออกไปทางด้านหน้า 2 ห้องและ ด้านหลัง 1 ห้อง ภายในวิหารหลวงมีพระเจ้าล้านทองเป็นพระประธาน พุทธลักษณะปาง มารศรีวิชัยศิลปะล้านนา ประทับนั่งบนฐาน เป็นพระพุทธรูปองค์ที่สวยงามในจังหวัดน่านองค์หนึ่งและ เป็นพระพุทธรูป คู่บ้านคู่เมืองมาช้านาน พระพุทธรูปประทับยืน ประดิษฐานใน วิหารหลวงจำนวน 2 องค์ปัจจุบัน องค์จริงมอบให้พิพิธภัณฑ์ จ.น่านอีกองค์ ถูกโจรกรรมและยังไม่ได้กลับคืน องค์ที่เห็นจำลองจาก องค์จริงทำพิธีหล่อเททองเมื่อ ปี 2550หน้าบันประตูของวิหารหลวงเป็นปูนปั้นลายนาคเกี่ยวกระหวัดกัน 8 หัว เอกลักษณ์ของศิลปะ เมืองน่าน
2.วิหารพระเจ้าทันใจ
สร้างด้วยคอนกรีตหลังคาไม้มุงด้วย กระเบื้องดิน รูปแบบวิหารโถง ทรงจัตุรมุข กว้าง 11 เมตร ยาว 11เมตร และรอยพระพุทธบาทจำลอง ปัจจุบันบูณณะดูใหม่และงดงามยิ่งขึ้น
3.เจดีย์วัดพระธาตุแช่แห้ง พระธาตุแช่แห้ง ตั้งอยู่ทางฝั่งตะวันออกของแม่น้ำน่าน เป็นพระธาตุที่บรรจุพระบรมสารีริกธาตุ ตามประวัติสร้าง เมื่อ พ.ศ. 1896 อายุราว 600 ปีเศษ องค์กระธาตุแช่แห้งเป็นพระธาตุที่มีขนาดสูงถึง 55.5 เมตร ตั้งอยู่บนฐาน สี่เหลี่ยมจัตุรัส กว้างด้านละ 22.5 เมตร มีสีเหลืองอร่ามเนื่องจากบุด้วยแผ่นทองเหลือง ลักษณะของเจดีย์ทรง ระฆัง ส่วนฐานทำเป็นฐานหน้ากระดานสี่เหลี่ยมขนาดใหญ่ รองรับฐานบัวลูกแก้วย่อเก็จ ถัดขึ้นไปเป็นฐานหน้า กระดานสี่เหลี่ยมและแปดเหลี่ยมซ้อนลดหลั่นกัน 3 ชั้นองค์ระฆังมีขนาดเล็กบัลลังก์ทำเป็นแท่นสี่เหลี่ยมย่อเก็จ ฐานหน้ากระดานกลมเป็นกระดานสี่เหลี่ยมและแปดเหลี่ยม และชั้นบัวคว่ำเหนือฐานแปดเหลี่ยม ตกแต่งคล้าย กลีบบัวหรือลายใบไม้แทนลายดังกล่าวนี้คงได้้รับอิทธิพลจากศิลปะพม่า ซึ่งนำมาต่อเติมขึ้นภายหลัง เมื่อล่วงเข้า พุทธศตวรรษที่ 24 แล้ว
4.วิหารพุทธไสยาศน์
อยู่ทางด้านหน้านอกกำแพงแก้วขององค์พระธาตุแช่แห้ง มีเจดีย์สีขาวศิลปะพม่าเป็นเจดีย์ที่จำลองมาให้ชาวพุทธได้บูชา ชาวบ้านเรียกว่า พระธาตุเชวาดากองตั้งอยู่ทางซ้ายมือเมื่อเดินขึ้นมาถึงบริเวณล้านด้านหน้าวัดพระธาตุวิหารก่อสร้างตามแนวยางขององค์พระ มีประตูทางเข้าด้านหลังคือ ทิศใต้
5. บันไดนาค
บันไดนาค 2 ตัว คู่กันซึ่งตั้งอยู่ด้านหน้าทางเข้าพระบรมธาตุซึ่งสามารถเห็นวิวทิวทัศน์ของเมืองน่านได้ใน บริเวณกว้าง